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以环保行业为例，从2015年开始总共涉及到两次税改，结果却都是增加了税负。根据业内测算，以一个日处理5万吨的污水处理厂为例，净利润竟然下降了63%。
3月1日，全国工商联环境商会召开“2017环保企业家媒体见面会”，公布4份环保提案，其中之一就是《关于环保行业税收政策调整的影响与建议》。其中建议，对污水、垃圾、危废、医废、污泥处理等环保企业应该免征增值税，或者增加返还比例。
“78号文”让净利润下降63%
2015年7月1日，财政部和国家税务总局联合发布《资源综合利用产品和劳务增值税优惠目录》(财税[2015]78号，以下简称“78号文”)，对污水、垃圾、危废、医废、污泥处理等环保企业税收政策进行了调整，不再实行免征，改为实行即征即退政策，退税比例为50%-70%。
而此前，《财政部、国家税务总局关于污水处理费有关增值税政策的通知》、《国家税务总局关于污水处理费不征收营业税的批复》、《财政部、国家税务总局关于资源综合利用及其他产品增值税税收政策的通知》和《关于调整完善资源综合利用产品及劳务增值税政策的通知》等多份文件都规定，污水处理费、垃圾处置费等环保费用免征增值税和营业税。
“78号文”的实施，使得环保企业税负增加，利润大幅降低甚至出现亏损。根据业内测算，以一个日处理5万吨的污水处理厂为例，处理单价0.8元/吨，增值税即征即退70%。执行78号文之前企业净利润为82.8万元，执行78号文及营改增之后企业的净利润为30.3万元，净利润下降了63%。
全国工商联环境商会会长赵笠钧表示，“78号文”的出台有点仓促和草率，虽然其主题思想是帮助环保行业、资源回收产业减税，但从实际运行情况来看，不但没有减少税负，实际还增加了环保企业的税负负担。
此外，“78号文”还增加了随同增值税缴纳的附加税。如7%的城市维护建设税、3%的教育费附加、2%的地方教育费附加，共计12%。返还的增值税由于视同政府补贴收入，还要征收所得税。这些税负加起来累计约占污水、垃圾、危废处理费收入的4%-7%，使得利润率本就很低的环保企业利润大幅下降，甚至导致一些经营情况本就不好的环保企业出现了亏损。
还有，目前全国大部分地区尚没有出台退税细则，退税流程、时限不清，从而出现延迟退税的问题。造成环保企业流动资金数额增加，增加融资数额及相应资金成本，运营成本增加。
“整体来讲，中国的污水处理服务费大约比实际成本低了10%。本来水价就没到位，78号文实施后更是雪上加霜。”碧水源董秘何愿平向《华夏时报(公众号：chinatimes)》记者表示。
赵笠均表示，环保行业曾经通过各种渠道与财政部进行沟通，但财政部方面表示，他们经过深入调研，认为环保企业普遍降低了税负。但实际上，环保企业感受到的却是税负不降反增。
“即使把所有污染排放企业的税足额收缴了，国家增加的税收大约也只有20亿。但如果通过积极的税收政策，引导社会资本投资环保领域，则可以为国家节省4000亿-5000亿元的环保设施投资，两者数额相差非常巨大。”赵笠均说，“一个税收政策的出台还要考虑其给行业传递的信号是什么，不能光是为了增加税收。”
营改增抵扣比例最多只有25%
2016年5月1日起，我国全面推行营改增政策，明确了增值税进项税额抵扣的相关规定。
不过，环保行业不同于其他行业，进项税额抵扣较少。由于污水处理的成本主要为固定资产折旧、人工、药剂、动力费(电费、油料)和管理费用，其中能进行进项税抵扣的只有油料、药剂和电费，在总成本中只占大约10%-25%的比例。
而在垃圾处理、危废行处理行业，其成本主要为固定资产折旧、人工、电费、油料、药剂、运输费和管理费用，可进行抵扣的只有电费、油料费用，在总成本中所占比例比污水处理更低。
