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此外，在营改增政策实施前已运营的污水、垃圾处理等环保企业，所购设备、建安发票的进项税不能抵扣，而营改增政策实施后新建的污水、垃圾处理厂，在建工程、采购设备能够取得增值税发票进行抵扣，所以营改增政策实施前后会造成实际税负的不公平。
“从实际的情况来看，营改增并没有明显降低环境治理企业的税负。”赵笠均说。
威立雅水务集团中国区税务总监李威表示，税率由3%变为11%后，他们设想的方法是把这11%“PASS”(传递)给客户，诉求提上去以后，批复表示价格已经定了，如果想要调价，企业必须把成本全部提供出来，核定毛利率的数额。结果使得新增的8%完全由企业承担，收入有所减少。
“这个影响其实很大，因为我们单笔合同都是上亿元的，可能每一笔合同牵扯的税款都是上千万元，所以希望给予明确。”北控水务集团税务经理于涛也表示。
建议免征增值税或增加返还比例
全国工商联环境商会建议，环保行业属于公益性极强的行业，直接关系民生，且利润率低，建议考虑环保行业的特殊性，对环保行业实施增值税免征政策。如果不能实行免税政策，建议降低税率或增加退还比例，如降低税率，以不高于自来水行业征收的3%税率为宜，或者参照生活服务业6%的税率执行。
此外，目前即征即退的增值税计入应纳税所得额，提高了企业的所得税负担，所以对于即征即退的增值税不应该不征收所得税。
即征即退方面，应该出台退税细则，解决延迟退税的问题，真正实现即征即退。目前，对于办理退税须提交的材料尚没有统一规定，在办理退税流程中，企业经常遇到地区之间、部门之间要求提供退税材料不一致的情况，直接影响了退税办理效率，建议进行统一规定，规范、明确企业办理退税应提交的材料。
78号文规定，因违反税收、环境保护的法律法规受到处罚(警告或单次1万元以下罚款除外)的，自处罚决定下达的次月起36个月内，不得享受增值税即征即退政策。但由于环保项目的复杂性，违法责任界定问题丰常困难，例如，很多地方排水系统尚未实现雨污分离，加上管网管理不到位，导致污水处理企业的进水水质超标，进而使得出水不达标。如果环保企业因此面临36个月内不得享受增值税即征即退政策的处罚，实际上是有失公平的。
最后，全国工商联环境商会建议，对应税负的增加，地方政府可以启动调价或补贴机制，来弥补因税收政策调整给环保企业造成的损失。
