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据了解，生态环境案件在办理过程中，存在确定管辖难、调查取证难、司法鉴定难、法律适用难等问题，特别是生态环境损害司法鉴定机构少、费用高、周期长已成为制约检察机关办理环境污染案件的瓶颈。同时，检察机关与相关行政机关执法之间存在协调配合机制不畅，信息通报、联席会议、协作配合等机制没有常态化运作等问题。
因此，在《意见》制定过程中，最高检与9部委就重点问题、重点事项进行深入磋商并达成共识。
“生态环保工作需要检察机关全面参与，充分发挥环境司法的支持、监督、保障功能。检察公益诉讼是很好的切入点和突破口。”生态环境部法规与标准司司长别涛说。
近年来，生态环境部与最高检协作日益密切，逐步实现无缝对接。双方通过共同完善环境污染犯罪司法解释，构建行政执法与刑事司法“两法”衔接机制，推进检察机关提起环境公益诉讼等，有力促进了生态环境保护工作深入开展。
“在配合检察机关做好环境公益诉讼工作中，生态环境部强化生态环境保护督察，严格生态环境保护执法。”别涛介绍，2018年全国实施行政处罚案件18.6万件，罚款数额152.8亿元。
环境损害司法鉴定中，存在着费用高、收费标准缺失等问题。《意见》提出，完善鉴定收费管理和经费保障机制，探索检察机关提起生态环境损害公益诉讼时先不预交鉴定费，待法院判决后由败诉方承担。
司法部公共法律服务管理局副局长舒国华介绍，截至2018年12月底，全国经省级司法行政机关审核登记的环境损害司法鉴定机构达103家，鉴定人1900余名，基本实现了省域全覆盖，环境损害司法鉴定的供给能力大大提升。
舒国华表示，目前，司法部确立了司法鉴定行政管理部门和行业主管部门牵头联合规范管理的工作格局，开创了一种全新的司法鉴定管理模式。为切实规范环境损害司法鉴定管理工作，司法部先后制定出台一系列政策文件，与两高联合出台《关于将环境损害司法鉴定纳入统一登记管理范围的通知》等。下一步将积极协调国家发改委有关部门，推动尽快出台收费标准。
