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《办法》强调，各级环保部门、公安机关和检察院应当加强协作，统一法律适用，不断完善线索通报、案件移送、资源共享和信息发布等工作机制。检察院对环保部门移送涉嫌环境犯罪案件活动和公安机关对移送案件的立案活动，依法实施法律监督。
《办法》明确了检察机关建议环保部门移送涉嫌犯罪案件的程序，规定检察院发现环保部门不移送涉嫌环境犯罪案件的，可以派员查询、调阅有关案件材料，认为涉嫌环境犯罪应当移送的，应当提出建议移送的检察意见。环保部门应当自收到检察意见后3日内将案件移送公安机关，并将执行情况通知检察院。检察院发现公安机关可能存在应当立案而不立案或者逾期未作出是否立案决定的，应当启动立案监督程序。
《办法》明确了行政执法部门收集的证据在刑事诉讼中作为证据使用的范围。其中，明确规定环保部门在行政执法和查办案件过程中依法收集制作的物证、书证、视听资料、电子数据、监测报告、检验报告、认定意见、鉴定意见、勘验笔录、检查笔录等证据材料，在刑事诉讼中可以作为证据使用。环保部门、公安机关、检察院收集的证据材料，经法庭查证属实，且收集程序符合有关法律、行政法规规定的，可以作为定案的根据。
《办法》强调，环保部门、公安机关和检察院应当建立健全环境行政执法与刑事司法衔接的长效工作机制以及双向案件咨询制度。按照《办法》，公安机关、检察院办理涉嫌环境污染犯罪案件，需要环保部门提供环境监测或者技术支持的，环保部门应当按照上述部门刑事案件办理的法定时限要求积极协助，及时提供现场勘验、环境监测及认定意见。与此同时，环保部门、公安机关和检察院应当加强对重大案件的联合督办工作，适时对重大案件进行联合挂牌督办，督促案件办理。
针对实践中检察机关监督线索发现难、监督渠道偏窄的问题，《办法》明确要求各级环保部门、公安机关、检察院应当积极建设、规范使用行政执法与刑事司法衔接信息共享平台，逐步实现涉嫌环境犯罪案件的网上移送、网上受理和网上监督。对于已经接入信息平台的环保部门、公安机关、检察院，应当自作出相关决定之日起7日内录入有关信息；对未建成信息平台的，应当及时相互通报。
记者从最高检侦查监督厅了解到，这个《办法》系2015年最高检部署开展为期两年的“破坏环境资源犯罪专项立案监督活动”的重要目标任务之一，也是在重点领域两法衔接长效机制建设的标志性成果。针对环境犯罪突出、环境问题严峻的形势，最高检日前正在部署开展第三次为期两年的“破坏环境资源犯罪专项立案监督活动”，这个《办法》的出台非常及时，必将推动形成打击环境犯罪的合力，有效遏制环境问题的多发态势。
