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农用地土壤环境与粮食安全等重大国计民生密切相关，是经济社会可持续发展的基础。此外，农用地分布广，受污染的途径多，管控难度较大，应优先对其开展环境保护方面的工作部署。
对农用地土壤环境的管理涉及农业、林业、国土、发展、环保等多个部门。其中，农业、林业和国土等部门承担保护农用地土壤环境的主体责任，应确保在组织正常的农业生产时不带来农用地土壤环境质量的下降，并在必要时主动采取改善农用地土壤环境质量的措施。环保部门则依据《中华人民共和国环境保护法》等法律法规，对农用地土壤环境保护工作进行统一监督管理，切实履行监督责任。
对农用地土壤环境的管理，主体责任和监督责任是两条并行的主线。也就是说，在农用地上组织生产的部门应该自行系统设计，采取有效手段维持甚至改善农用地的土壤环境质量，资金筹措和防治技术研发等都由主体责任部门统筹考虑。环保部门的监督责任则是通过独立调查，客观评价主责部门的工作成效，尤其是针对薄弱环节提出改进建议。
农用地土壤污染的另一个重要来源是企事业单位的排放。对此，要求排放污染物的企事业单位承担主体责任，按照法律规定减轻对农用地土壤环境的影响，同时开展自行监测，公布企事业单位周边农用地土壤的环境质量状况，证明企事业单位的生产未造成恶化后果。环保部门同样开展全程序的监督管理，并可定点采样分析，长期跟踪排放污染物的企事业单位周边农用地土壤环境的变化趋势。
在彻底厘清农用地土壤环境保护主体责任与监督责任的工作格局下，有关部门应各司其责，各尽其能，这也是开展环保督察的重要内容，通过严格的问责督促主体责任落实到位。至于监督管理，则是业务能力与技术要求更高的工作，不仅要首先钻研透主责部门的实施方案，还要提出完善意见，并形成监督计划，确保主体责任履行不走样。
